“Data exchange” service offers individual users metadata transfer in several different formats. Citation formats are offered for transfers in texts as for the transfer into internet pages. Citation formats include permanent links that guarantee access to cited sources. For use are commonly structured metadata schemes : Dublin Core xml and ETUB-MS xml, local adaptation of international ETD-MS scheme intended for use in academic documents.
Export
Jokanović, Sandra, 1982-
Filogenetska analiza bakterijskih zajednica u sedimentima Crnogorskog primorja i procjena uticaja polutanata na njihovu distribuciju i strukturu
Autorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
Academic metadata
Phd. theses
Prirodno-matematičke nauke
doktor nauka - biološke nauke
Univerzitet Crne Gore
Prirodno-matematički fakultet
Studijski program Biologija
Other Theses Metadata
Phylogenetic analysis of bacterial communities in the sediments of the Montenegrin coast and assessment of the impact of pollutants on their distribution
and structure
[S. Jokanović]
PDF/A (111 pages)
Perović, Svetlana, 1973- (mentor)
Orlić, Sandi (član komisije)
Krivokapić, Slađana, 1969- (član komisije)
Mačić, Vesna, 1972- (član komisije)
Perović, Andrej, 1971- (član komisije)
Obalni ekosistem je najčešće ugrožen eutrofikacijom, otpadnim vodama, hemijskim zagađenjem, industrijom, turizmom, lučkim aktivnostima. Stoga su marinski sedimenti posebno pod uticajem djelatnosti čovjeka. Marinski mikroorganizmi imaju krucijalnu ulogu u regulaciji i transformaciji glavnih bioaktivnih elemenata kao i degradaciji organskih polutanata. Brzo se razmnožavaju i odgovaraju na promjene u morskoj sredini, stoga služe kao ekološki indikatori i biomonitori promjena.
Glavni cilj ovog istraživanja je bio utvrditi da li i u kojoj mjeri PAH, PCB, nutrijenti (TN, TP, NH3), TOC, granulometriski sadržaj utiču na strukturu bakterijskih zajednica u sedimentima Crnogorskog primorja. Struktura bakterijskih zajednica analizirana je sekvenciranjem nove generacije (NGS)-Illumina. Područje ispitivanja se odnosi na osam lokacija u Bokokotorskom zalivu: Luka Kotor (KTR), Risan (RSN), Sveta Nedelja (STN), Tivat uvala (TVC), Tivat centar (TVT), Brodogradilište Bijela (SBL), Herceg Novi (HRN), Igalo (IGL) i tri lokacije van zaliva a to su: Budva marina (BDV), Luka Bar (PBR), Ada Bojana (ADB). Lokacije SBL i PMN su definisane kao visoko zagađene u odnosu na PAH i PCB sadržaj prelazeći dozvoljene kriterijume. Na lokaciji KTR izmjeren je najveći sadržaj TOC, TN, TP. Ukupni PAH, TOC i muljeviti sadržaj sedimenta statistički imaju najveći uticaj na varijacije bakterijskih zajednica. Najveći uticaj na bakterijske zajednice na SBL lokaciji ima PAH i PCB sadržaj, što se manifestuje i do tri puta povećanom abundancom Alphaproteobacteria. Na ovoj lokaciji zabilježene su i najniže vrijednosti diverziteta zajednica i bogatstva vrsta. Bakterijske zajednice koje pripadaju BRC1, Dadabacteria i Spirochaetes (iako nisko abundantne) prisutne su samo na lokaciji SBL, što ukazuje na njihovu otpornost i potencijalnu mogućnost razgradnje aromatičnih jedinjenja. Sulfat redukujuće bakterije (SRB) kojoj pripada familija Syntrophobacteraceae kao i Thermoanaerobaculaceae najveću abundancu pokazuju u unutrašnjem i središnjem dijelu Bokokotorskog zaliva. Porodica Woeseiaceae (Steroidobacterales) najveću brojnost dostiže na estuarnom području ADB, visoko su korelisani sa TOC sadržajem. . Ova lokacija ocijenjena je kao najmanje zagađena čemu doprinosi pjeskovita struktura sedimenta i smanjena mogućnost adsorpcije. Za upoređivanje funkcionalnih sposobnosti povezanih sa biodegradacijom aromatičkih komponenti i aktivnog transportnog sistema korišten je bioinformatički alat PICRUSt2. Frekvencija gena koji kodiraju degradaciju aromatičkih jedinjenja su značajno veći na SBL lokaciji.
Geni koji kodiraju ABC (ATP-vezujući kasetni transporter) transportne proteine povezani su sa biotinom, ureom, glicerolom, polisaharidima, fosfatnim transportnim sistemom, metionin transportom sa najvećom frekvencijom gena na SBL lokaciji da bi bakterijske zajednice ispunile metaboličke zahtjeve za rast i opstanak u zagađenom sedimentu.
The coastal ecosystem is endangered by eutrophication, wastewaters, chemical pollution, industry, tourism, port activities. Marine sediments are particularly exposed to human activities. Marine microbes play a crucial role in regulating and transforming major bioactive elements as well as in the degradation of organic pollutants. They have fast growth rates, promptly respond to environmental perturbations. Bacterial diversity can be used as a measure in assessing the harmful effects on the ecosystem. The main goal of this study revelad the influence of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), polychlorinated biphenyls (PCBs), total organic carbon (TOC), total nitrogen (TN), total phosphorus (TP), ammonia (NH3) on bacterial communities in sediments of Montenegrin coast. Bacterial composition was analyzing by Next Generation Sequencing (NGS)- Illumina. Area of investigation included: Port of Kotor (KTR), Risan (RSN), St.Nedelja (STN), Tivat cove (TVC), Tivat center (TVT), Shipyard Bijela (SBL), Herceg Novi (HRN), Igalo (IGL), and three locations outside the Bay: Budva (BDV), Port of Bar (PBR), Ada Bojana (ADB). Two stations (SBL and PMN) were defined as very high PAH and PCB polluted sediments exceeding threshold values. In KTR locations was measured the highest content of TOC, TP, TN. Total PAH, TOC, silt content had a statistically significant influence on bacterial diversity variation. The influence of PAH and PCB in the most polluted SBL site was manifested as a three fold time increased abundance of Alphaproteobacteria. In this location was recorded the lowest richness and diversity. Bacterial communities affiliated to BRC1, Dadabacteria, Spirochaetes (although low abundance) inhabit the only sediment of SBL location indicating their persistence and possible potential for degradation of aromatic compounds. Members of sulfate reducing bacteria (SRB) Syntrophobacteraceae and Thermoanaerobaculaceae counted higher relative abundance in the inner and middle part of the Boka Kotorska Bay. Our data highlighted the presence of the family Woeseiaceae especially at ADB station where a high correlation with TOC was determined. The lowest PAH and PCB content was detected at the estuary station ADB. These might be attributed to the sandy sediment fraction, which decreases the adsorption capacity. To compare the functional capabilities potentially related to biodegradation of aromatic compounds and the active transport system, bioinformatics tool PICRUSt was used to predict metagenomes of the sediment. The frequency of the genes involved in aromatic compounds was significantly higher in the SBL station. Genes coding for the ABC transporter (ATP-binding cassette transporter) proteins were associated with biotin, urea, glycerol, polysaccharide, phosphate transport system, methionine transport system with higher frequency at the SBL station to fulfill metabolic requirements for the growth and persistence of microbe growing in the polluted sediment.
Obalni ekosistem je najčešće ugrožen eutrofikacijom, otpadnim vodama, hemijskim zagađenjem, industrijom, turizmom, lučkim aktivnostima. Stoga su marinski sedimenti posebno pod uticajem djelatnosti čovjeka. Marinski mikroorganizmi imaju krucijalnu ulogu u regulaciji i transformaciji glavnih bioaktivnih elemenata kao i degradaciji organskih polutanata. Brzo se razmnožavaju i odgovaraju na promjene u morskoj sredini, stoga služe kao ekološki indikatori i biomonitori promjena.
Glavni cilj ovog istraživanja je bio utvrditi da li i u kojoj mjeri PAH, PCB, nutrijenti (TN, TP, NH3), TOC, granulometriski sadržaj utiču na strukturu bakterijskih zajednica u sedimentima Crnogorskog primorja. Struktura bakterijskih zajednica analizirana je sekvenciranjem nove generacije (NGS)-Illumina. Područje ispitivanja se odnosi na osam lokacija u Bokokotorskom zalivu: Luka Kotor (KTR), Risan (RSN), Sveta Nedelja (STN), Tivat uvala (TVC), Tivat centar (TVT), Brodogradilište Bijela (SBL), Herceg Novi (HRN), Igalo (IGL) i tri lokacije van zaliva a to su: Budva marina (BDV), Luka Bar (PBR), Ada Bojana (ADB). Lokacije SBL i PMN su definisane kao visoko zagađene u odnosu na PAH i PCB sadržaj prelazeći dozvoljene kriterijume. Na lokaciji KTR izmjeren je najveći sadržaj TOC, TN, TP. Ukupni PAH, TOC i muljeviti sadržaj sedimenta statistički imaju najveći uticaj na varijacije bakterijskih zajednica. Najveći uticaj na bakterijske zajednice na SBL lokaciji ima PAH i PCB sadržaj, što se manifestuje i do tri puta povećanom abundancom Alphaproteobacteria. Na ovoj lokaciji zabilježene su i najniže vrijednosti diverziteta zajednica i bogatstva vrsta. Bakterijske zajednice koje pripadaju BRC1, Dadabacteria i Spirochaetes (iako nisko abundantne) prisutne su samo na lokaciji SBL, što ukazuje na njihovu otpornost i potencijalnu mogućnost razgradnje aromatičnih jedinjenja. Sulfat redukujuće bakterije (SRB) kojoj pripada familija Syntrophobacteraceae kao i Thermoanaerobaculaceae najveću abundancu pokazuju u unutrašnjem i središnjem dijelu Bokokotorskog zaliva. Porodica Woeseiaceae (Steroidobacterales) najveću brojnost dostiže na estuarnom području ADB, visoko su korelisani sa TOC sadržajem. . Ova lokacija ocijenjena je kao najmanje zagađena čemu doprinosi pjeskovita struktura sedimenta i smanjena mogućnost adsorpcije. Za upoređivanje funkcionalnih sposobnosti povezanih sa biodegradacijom aromatičkih komponenti i aktivnog transportnog sistema korišten je bioinformatički alat PICRUSt2. Frekvencija gena koji kodiraju degradaciju aromatičkih jedinjenja su značajno veći na SBL lokaciji.
Geni koji kodiraju ABC (ATP-vezujući kasetni transporter) transportne proteine povezani su sa biotinom, ureom, glicerolom, polisaharidima, fosfatnim transportnim sistemom, metionin transportom sa najvećom frekvencijom gena na SBL lokaciji da bi bakterijske zajednice ispunile metaboličke zahtjeve za rast i opstanak u zagađenom sedimentu.